1988年毕业于清华大学建筑系，获学士学位。之后又赴美深造，在宾夕法尼亚大学获得建筑硕士学位。作为南加州大学建筑学院的院长，创立了中国学院 (AAC)，为来自全世界的学者提供了独立研究及思想交流的平台。马清运是南加州大学建筑学院院长，黛拉及哈利·麦荣誉院长教席。他还是全球范围内社会批判主义、建筑综合智慧和文化协同方面的领军人物。

他领导的马达思班建筑师事务所 (MADA s.p.a.m.)已经在中国创作了很多令人羡慕的城市设计和建筑，包括青浦夏阳湖浦阳阁、北京光华路SOHO、宁波大学图书馆、西安广电中心等。马清运还曾担任北京申办2008年奥运会的建筑陈述专家，青浦区城市发展建筑顾问，海口市城市发展建筑顾问，洛杉矶城市公共空间策略顾问委员会成员。此外，马清运还于2006年协助组织国际著名建筑师雷姆·库哈斯在哈佛大学举行的珠江三角洲城市状态的研究，并担任库哈斯先生《大跃进》(Great Leap Forward)一书的评论员。